万州历史悠久，以“万川毕汇”、“万商毕集”而得名。
　　夏商属梁州地，周属巴子国，秦属巴郡朐忍县。东汉建安二十一年（216年），刘备分朐忍地置羊渠县，治城今长滩，为万州建县之始。蜀汉建兴八年（230），省羊渠置南浦县，治城迁至今万州区南岸。西魏废帝二年（553），改南浦为鱼泉县，徙治江北（今万州区环城路）。北周时期（557－584），先改鱼泉县为安乡县，后又改万川县，与南州和万川郡同治。隋开皇十年（598），废万州郡，改万川县为南浦县，与南州同治。炀帝大业三年（607），省南州、南浦县归属巴东郡。
　　唐武德二年（619）置南浦郡，领梁山、南浦、武宁3县；武德八年改南浦郡为浦州。贞观八年（634）改浦州为万州，天宝元年（742）改万州为南浦郡，乾元元年（758）恢复万州，仍与南浦县同治。元世祖至元二十年（1283），省南浦县入万州，领武宁一县。明洪武四年（1317），并武宁县入万州，六年（1373）降万州为万县。民国二十四年（1935）设万县专区。
　　1950年设万县专区，属川东行署区。万县专署驻万县市，辖万县（驻沙河镇）、开县、城口（驻复兴镇）、巫溪、云阳、奉节、巫山、忠县等8县。　1952年万县专区属四川省领导。原由川东行署直辖的万县市划归万县专署领导。辖1市、8县。
　　1953年万县市改为省辖市，委托万县专署代管。原大竹专区所属梁平县划入万县专区。辖1市、9县。
　　1970年万县专区改称万县地区，地区驻万县市。辖万县市及万县（驻沙河镇）、开县、城口（驻复兴镇）、巫溪、巫山、奉节、云阳、忠县、梁平等9县。
　　1992年12月11日，国务院批准（国函[1992]194号）：撤销万县地区、万县市、万县，设立万县市（地级），辖原万县地区的开县、忠县、梁平、云阳、奉节、巫山、巫溪、城口8个县。万县市新设立3个市辖区：龙宝区、天城区、五桥区。龙宝区辖龙宝镇、武陵镇、19个乡、3个街道办事处，区人民政府驻龙宝镇；天城区辖天城乡等31个乡、3个镇、1个街道办事处，区人民政府驻天城乡；五桥区辖五桥镇等5个镇、43个乡，区人民政府驻五桥镇。万县市人民政府驻龙宝区的高笋塘。
　　1997年12月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅批复，撤销万县市及其所辖的龙宝区、天城区、五桥区，设立重庆市万县移民开发区和重庆市万县区，龙宝区、天城区、五桥区改为龙宝管理委员会、天城管理委员会、五桥管理委员会。万县区辖龙宝、天城、五桥三个管理委员会。万县移民开发区受重庆市委、市政府的委托，代管开县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县。
　　1998年5月22日经中共中央办公厅、国务院办公厅批准（国函[1998]37号），将重庆市万县区更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区。万州区辖龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会。
　　2000年6月25日，中共中央办公厅、国务院办公厅批准，撤销重庆市万州移民开发区，原万州移民开发区代管的奉节县、开县、云阳县、忠县、巫溪县和巫山县由重庆市直辖。龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会更名为龙宝移民开发区、五桥移民开发区、天城移民开发区，由万州区管辖，共32镇、45个乡、14个街道办事处、1277个居委会、村委会。
　　2004年末，全区总人口169.7万人，其中城市人口约54.5万人。
　　2005年6月24日，国务院批准（国函[2005]55号）同意重庆市万州区人民政府驻地由太白岩街道迁至陈家坝街道。
　　1999年10月18日，油沙乡驻地由柑子园迁移至中嘴坝（渝府[1999]165号）。
　　2000年，万州区辖14个街道、32个镇、45个乡，1277个居（村）委会：高笋塘、太白岩、牌楼、万安、双河口、红光、沙河、钟鼓楼、周家坝、映水坪、枇杷坪、陈家坝、五桥、百安坝14个街道；龙宝、高峰、凉风、襄渡、武陵、龙沙、响水、天城、熊家、小周、高梁、李河、高升、三正、分水、培文、余家、后山、弹子、长岭、新田、太龙、龙驹、长滩、白羊、新乡、太安、白土、走马、罗田、董家、大周32个镇；九池、柱山、甘宁、瑞池、郭村、石桥、鹿山、河口、岩口、龙古、国家、鹿井、铁峰、孙家、铁炉、大碑、葵花、黄泥、三元、大兴、桥亭、新袁、凉水、向家、凤仪、恒合土家族、梨树、赶场、中山、谷雨、双流、茨竹、溪口、普子、地宝、黄柏、盐井、石龙、双石、油沙、燕山、长坪、马头、团结、大田45个乡。（出处：2001年重庆统计年鉴）
　　2000年第五次人口普查，全区总人口1648870人，其中：高笋塘街道 83924人、太白岩街道 79694人、红光街道 24959人、牌楼街道 30717人、万安街道 11595人、双河口街道 6897人、周家坝街道 15401人、沙河街道 19407人、映水坪街道 26832人、钟鼓楼街道 35697人、枇杷坪街道 17512人、百安坝街道 22816人、五桥街道 26444人、陈家坝街道 25658人、龙宝镇 27424人、高峰镇 21346人、凉风镇 17578人、龙沙镇 10407人、响水镇 14003人、武陵镇 19180人、壤渡镇 12352人、天城镇 33091人、熊家镇 36473人、小周镇 11173人、大周镇 16458人、董家镇 22241人、高粱镇 29932人、李河镇 17987人、高升镇 21992人、三正镇 28005人、分水镇 18180人、培文镇 17254人、余家镇 33543人、后山镇 17830人、弹子镇 14456人、长岭镇 24294人、新田镇 34284人、新乡镇 11641人、走马镇 19548人、罗田镇 7491人、龙驹镇 21410人、白土镇 21949人、长滩镇 26359人、太安镇 22873人、白羊镇 21843人、太龙镇 22897人、九池乡 13194人、柱山乡 17874人、鹿山乡 12930人、河口乡 17822人、甘宁乡 19055人、岩口乡 12230人、龙古乡 11022人、国家乡 11297人、瑞池乡 12463人、郭村乡 10858人、石桥乡 13931人、鹿井乡 8916人、铁峰乡 11840人、大碑乡 6841人、葵花乡 14863人、黄泥乡 13127人、三元乡 10412人、大兴乡 6658人、孙家乡 15902人、桥亭乡 11109人、新袁乡 7727人、铁炉乡 20039人、茨竹乡 8544人、油沙乡 7884人、盐井乡 8659人、溪口乡 11764人、长坪乡 11371人、燕山乡 13302人、中山乡 11215人、谷雨乡 9227人、双流乡 14312人、赶场乡 14127人、团结乡 10515人、马头乡 13776人、梨树乡 6496人、恒合乡 12847人、风仪乡 11384人、普子乡 12852人、地宝乡 5803人、向家乡 10686人、双石乡 13782人、石龙乡 16579人、凉水乡 16069人、大田乡 9843人、黄柏乡 14676人。
　　2001年4月3日，设立盘龙街道办事处，管辖原五桥街道办事处的机场、联合、坨口、铺子岩等4个居委会和茂合村、陈家坝街道办事处的高山村、大石村，面积12.5平方千米，人口11627人，盘龙街道办事处驻高山村（渝府[2001]58号）。2001年末，全区总人口168万人。
　　2002年7月1日，撤销孙家乡，设立孙家镇（渝府[2002]86号）。2002年8月2日，撤销甘宁乡，设立甘宁镇（渝府[2002]125号）。2002年年末，万州区辖：16个街道办事处（沙河、钟鼓楼、周家坝、映水坪、枇杷坪、高笋塘、太白岩、红光、牌楼、万安、双河口、五桥、百安坝、陈家坝、盘龙、龙都）、33个镇（天城、熊家、小周、高梁、李河、高升、三正、分水、培文、余家、后山、弹子、高峰、凉风、龙沙、响水、武陵、襄渡、长岭、新田、新乡、龙驹、白土、长滩、走马、罗田、太安、白羊、太龙、董家、大周、孙家、甘宁）、43个乡（铁峰、葵花、大碑、黄泥、三元、大兴、桥亭、新袁、铁炉、河口、鹿山、岩口、龙古、国家、鹿井、九池、柱山、瑞池、郭村、石桥、茨竹、盐井、油沙、溪口、马头、梨树、恒合土家族、凤仪、普子、地宝、燕山、长坪、中山、谷雨、双流、赶场、团结、向家、双石、石龙、凉水、大田、黄柏），189个居委会、1062个村委会。年末户籍总人口168.8万人，其中非农业人口42.19万人。
　　2003年，万州区辖3个移民开发区：
　　（1）龙宝移民开发区：7街道（高笋塘、牌楼、太白岩、红光、双河口、龙都、万安），7镇（高峰、武陵、凉风、甘宁、龙沙、响水、瀼渡），11乡（九池、柱山、瑞池、郭村、石桥、鹿山、河口、岩口、龙古、国家、鹿井）。
　　（2）天城移民开发区：5街道（钟鼓楼、枇杷坪、映水坪、周家坝、沙河），15镇（天城、分水、李河、高梁、熊家、小周、高升、三正、培文、余家、孙家、后山、弹子、董家、大周），9乡（铁峰、铁炉、大碑、葵花、黄泥、三元、大兴、桥亭、新袁）。
　　（3）五桥移民开发区：2街道（百安坝、五桥），11镇（长岭、新田、白羊、龙驹、长滩、白土、新乡、太龙、太安、走马、罗田），23乡（凉水、茨竹、梨树、恒合、普子、凤仪、赶场、谷雨、中山、溪口、向家、地宝、双流、黄柏、盐井、石龙、双石、油沙、燕山、长坪、马头、团结、大田）。
　　（4）江南新区：2街道（陈家坝、盘龙）（本站注——估计江南新区是经济开发区，区划上仍属五桥移民开发区）。

　　2004年万州区将92个乡镇街调整为53个乡镇街。同时，村（社区）也进行规模调整：村由原来的1057个调整为448个；社区调整为183个。调整后，万州区辖11个街道、28个镇、13个乡、1个民族乡，448个行政村、183个社区：柱山乡、九池乡、郭村乡、铁峰乡、黄柏乡、溪口乡、燕山乡、长坪乡、梨树乡、凤仪乡、普子乡、地宝乡、茨竹乡、恒合土家族乡、高峰镇、龙沙镇、响水镇、武陵镇、瀼渡镇、甘宁镇、天城镇、熊家镇、大周镇、小周镇、孙家镇、高梁镇、李河镇、分水镇、余家镇、后山镇、弹子镇、长岭镇、新田镇、走马镇、白土镇、长滩镇、白羊镇、太安镇、龙驹镇、太龙镇、罗田镇、新乡镇、高笋塘街道、太白街道、牌楼街道、双河口街道、龙都街道、周家坝街道、沙河街道、钟鼓楼街道、百安坝街道、五桥街道和陈家坝街道。其中，龙宝移民开发区辖5个街道（高笋塘、太白、牌楼、双河口、龙都）、6个镇（高峰、龙沙、响水、武陵、瀼渡、甘宁）、3个乡（柱山、九池、郭村）；天城移民开发区辖3个街道（周家坝、沙河、钟鼓楼）、11个镇（天城、熊家、大周、小周、孙家、高梁、李河、分水、余家、后山、弹子）、1个乡（铁峰）；五桥移民开发区辖3个街道（百安坝、五桥、陈家坝）、11个镇（长岭、新田、走马、白土、长滩、白羊、太安、龙驹、太龙、罗田、新乡）、9个乡（黄柏、溪口、燕山、长坪、梨树、凤仪、普子、地宝、茨竹）、1个民族乡（恒合土家族乡）。
　　2005年4月10日，万州区宣布撤销龙宝、天城、五桥3个移民开发区。调整后的万州区，下辖42个镇乡、11个街道，总人口168万人，主城区人口53万，幅员面积3457平方千米。
　　2005年6月24日，国务院批准（国函[2005]55号）重庆市万州区人民政府驻地由太白岩街道迁至陈家坝街道（实际上2004年太白岩街道已经更名为太白街道——本站注）。（原高笋塘82号，现天城大道756号）
　　2005年9月9日，重庆市人民政府（渝府[2005]178号）批复同意撤销万州区凤仪乡并入恒合土家族乡及恒合土家族乡政府驻地迁址：一、同意撤销万州区凤仪乡，将其并入恒合土家族乡。两乡合并后，恒合土家族乡幅员面积83.4平方千米，辖13个村、1个社区、79个村（居）民小组。二、将恒合土家族乡政府驻地由三元场迁至凤仪场。
　　2005年，万州区辖11个街道、28个镇、12个乡、1个民族乡：高笋塘街道、太白街道、牌楼街道、双河口街道、龙都街道、周家坝街道、沙河街道、钟鼓楼街道、百安坝街道、五桥街道、陈家坝街道；高峰镇、龙沙镇、响水镇、武陵镇、瀼渡镇、甘宁镇、天城镇、熊家镇、大周镇、小周镇、孙家镇、高梁镇、李河镇、分水镇、余家镇、后山镇、弹子镇、长岭镇、新田镇、走马镇、白土镇、长滩镇、白羊镇、太安镇、龙驹镇、太龙镇、罗田镇、新乡镇；柱山乡、九池乡、郭村乡、铁峰乡、黄柏乡、溪口乡、燕山乡、长坪乡、梨树乡、普子乡、地宝乡、茨竹乡、恒合土家族乡。